Центральный персонаж игры - английский нейробиолог, потерявший жену в страшной катастрофе. После трагедии он стал вести уединенный образ жизни, практически не покидая своего имения. Всё свое время доктор посвятил изучению тайн человеческого мозга. Однажды на его пороге появилась студентка, приехавшая из Америки. Она стала ассистенткой доктора, и ее первым заданием был поиск шести добровольцев для медицинского эксперимента. Опыты планировались как достаточно безобидные, но... После их проведения в особняке стал являться призрак погибшей жены доктора. А через некоторое время начали происходить вещи еще более странные...
Gray Matter - это игра, которая ставит вопрос: что такое реальность? И как человеческий разум создает образы, которые мы воспринимаем как объективную действительность?..