После событий первой части игры прошло 20 лет. Мировое сообщество окончательно распалось, города-государства по всему миру стараются решать свои проблемы самостоятельно, транснациональные фракции играют роль правительств. Но, как и в первой части, видимая невооруженным глазом картина мира является лишь верхушкой айсберга. Борьба за власть объединяет даже самых непримиримых соперников, фанатики пытаются обратить вспять ход истории, но агент антитеррористической коалиции UNATCO по-прежнему противостоит многочисленным врагам и стремится объединить человечество.

Эта история начинается как боевик, в завязке сюжета которого секретный военный объект оказывается в руках неизвестных террористов. Они захватывают заложников, но не выдвигают никаких требований. Правительство задействует спецназ, но связь с отрядом пропадает вскоре после начала операции. А еще через несколько мгновений камеры внутреннего наблюдения показывают картину бойни - тела солдат, разрываемые на части неведомой силой, прежде чем те успевают понять, что происходит…

Спустя два года после событий Gothic 3, безымянный герой возвращается в земли, которым он помог объединиться и сохранить целостность, и узнает, что все его труды были напрасны – нации разделились на мелкие группы и начали войну друг с другом. Старые друзья героя стали предводителями воинствующих групп и сделать выбор в пользу одной из них не так уж и просто. «Gothic 3: Отвергнутые Боги» расскажет о событиях мира Готики, над которыми ранее висела завеса тайны…